《民法典》规定离婚时两个孩子的抚养权判决主要遵循最有利于未成年子女的原则，具体情况如下：
不满两周岁的子女：以由母亲直接抚养为原则。但如果母亲存在患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，子女不宜与其共同生活；有抚养条件不尽抚养义务，而父亲要求子女随其生活；因其他原因，子女确不宜随母方生活等情形的，则可随父亲生活。
已满两周岁的子女：父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。法院在判决时会综合考虑双方的经济收入、教育程度、居住环境、工作性质、性格品德等因素。比如，一方经济条件更好、能为孩子提供更优质的生活和教育资源，或者一方性格更温和、更有时间陪伴孩子等，这些都可能成为法院判决抚养权归属的考量因素。
已满八周岁的子女：应当尊重其真实意愿。如果两个孩子都已满八周岁，且都明确表示愿意跟随父亲或母亲生活，法院通常会尊重孩子的选择。
不过，在实际情况中，也存在一些特殊情形可能会影响判决结果。例如，如果一方存在严重的家庭暴力、虐待子女等不利于孩子成长的行为，那么法院可能会将两个孩子的抚养权都判给另一方。或者一方因工作、身体等原因无法照顾孩子，而另一方有更好的抚养条件，法院也可能将两个孩子都判给条件更优的一方。